L'origine del convento di S. Francesco della Vigna è da collegarsi ad un ospizio che i francescani avevano in uso presso un terreno coltivato a vigna del nobile Marco Ziani.
Nel 1300 i frati edificarono un primo conventino e una chiesa in stile gotico.
Nei due secoli successivi si operarono ulteriori ingrandimenti, tanto da renderlo uno dei maggiori conventi della città. Nel 1543 si iniziò a lavorare all'ampliamento della chiesa in base al progetto dell'architetto Jacopo Sansovino e alle teorie cabalistiche del padre Francesco Zorzi. La facciata della chiesa venne realizzata nel 1562 su disegno del Palladio.
L'interno della chiesa è a navata unica, percorsa in entrambi i lati da numerose cappelle, abbellite dalle opere di fra Antonio da Negroponte, Antonio Vivarini, Palma il Giovane, Alessandro Vittoria, Paolo Veronese, Girolamo Pellegrini, Giambattista Tiepolo, Pietro e Tullio Lombardo, Giovanni Bellini.

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